协和的前身是1917年由美国洛克菲勒基金会创办的位于北京东单的北京协和医学院(Peking Union Medical College, PUMC)。据说这是该基金会在亚洲创办的17所医学院中最成功的一所。1921年又创办了北京协和医院。1956年,北京协和医学院与原中央卫生研究院(天坛附近)合并,改称中国医学科学院(Chinese Academy of Medical Sciences, CAMS)。此后体制和名称几经调整,1980年代中期形成了中国医学科学院中国协和医科大学(CAMS & PUMC)这样一个院校合一的体制(即“一个机构两块牌子”)。