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无机化学学科分作三部分：包括配位化学研究所、配位化学国家重点实验室和无机化学教研室。配位化学研究所的前身是1963年教育部批准建立的络合物化学研究室，1983年经国家批准改建为教育部所属的配位化学研究所。首任所长戴安邦院士，继任所长为游效曾院士、孟庆金教授，现任所长薛子陵教授。经国家计委批准于1988年11月在南京大学配位化学研究所的基础上建立起来的南京大学配位化学国家重点实验室

分析化学学科建立于1952年，该学科在老一辈科学家高鸿院士和前任教研室主任陈洪渊院士的领导下，经过长期努力在学科建设和队伍建设方面取得了辉煌的成绩。1981年首批建立博士点，1987年首批批准为国家重点学科，2001年再次被批准为国家重点学科。

物理化学教研室设立于1952年院系调整之后，是化学系中最早设立的专业之一。
1981年设立硕士点，是全国首批设立的单位之一。1984年设立博士点。1988年成为全国重点学科。1991年之后在江元生院士领导下建立了理论化学和结构化学研究方向，2001年成立了南京大学理论与计算化学研究所，2003年成立介观化学教育部重点实验室。

高分子化学与物理学科长期以来坚持基础理论研究与应用技术的并行发展，于1995年被评为江苏省重点学科；在96－98年的省重点学科建设评估中，从全省85个理、工科重点学科中脱颖而出，名列第一，2001年进入国家重点学科行列。

有机化学教研室设立于1952年院系调整之后，是化学系中最早设立的专业之一。有机化学学科在国内一直是颇有影响的学科，培养了十多位院士校友及一批活跃在国际及国内前沿研究领域的青年有机化学家。该学科于1982年成为我国首批建立的博士点，现设有本科教育、硕士点、博士点和博士后流动站。本学科还设有“国家863高新技术新材料MO源研究开发中心”和“南京大学药物化学研究所”两个正式的研究型基地。有机教研室现有人员30人，其中中科院院士1人，教授12人，副教授及高级工程师11人，讲师2人，实验人员6人，形成了方向集中明确、结构合理的学术梯队。