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标题: 生化笔记之复旦2 [打印本页]

作者: yitiantian    时间: 08-3-21 17:48
标题: 生化笔记之复旦2
第三章  酶
  一、酶的组成
  单纯酶:仅由氨基酸残基构成的酶。
  结合酶:酶蛋白:决定反应的特异性;
      辅助因子:决定反应的种类与性质;可以为金属离子或小分子有机化合物。
           可分为辅酶:与酶蛋白结合疏松,可以用透析或超滤方法除去。
              辅基:与酶蛋白结合紧密,不能用透析或超滤方法除去。
酶蛋白与辅助因子结合形成的复合物称为全酶,只有全酶才有催化作用。
参与组成辅酶的维生素
转移的基团
  辅酶或辅基
所含维生素
氢原子 NAD+NADP+ 尼克酰胺(维生素PP
FMNFAD 维生素B2
醛基 TPP 维生素B1
酰基
辅酶A﹑硫辛酸
泛酸、硫辛酸
烷基
钴胺类辅酶类
维生素B12
二氧化碳
生物素
生物素
氨基
磷酸吡哆醛
吡哆醛(维生素B6
甲基、等一碳单位
四氢叶酸
叶酸
  二、酶的活性中心
  酶的活性中心由酶作用的必需基团组成,这些必需基团在空间位置上接近组成特定的空间结构,能与底物特异地结合并将底物转化为产物。对结合酶来说,辅助因子参与酶活性中心的组成。但有一些必需基团并不参加活性中心的组成。
 
  三、酶反应动力学
  酶促反应的速度取决于底物浓度、酶浓度、PH、温度、激动剂和抑制剂等。
  1、底物浓度
  1)在底物浓度较低时,反应速度随底物浓度的增加而上升,加大底物浓度,反应速度趋缓,底物浓度进一步增高,反应速度不再随底物浓度增大而加快,达最大反应速度,此时酶的活性中心被底物饱合。
  2)米氏方程式
    VVmaxS]/Km+[S
  a.米氏常数Km值等于酶促反应速度为最大速度一半时的底物浓度。
  b.Km值愈小,酶与底物的亲和力愈大。
  c.Km值是酶的特征性常数之一,只与酶的结构、酶所催化的底物和反应环境如温度、PH、离子强度有关,与酶的浓度无关。
  d.Vmax是酶完全被底物饱和时的反应速度,与酶浓度呈正比。
  2、酶浓度
  在酶促反应系统中,当底物浓度大大超过酶浓度,使酶被底物饱和时,反应速度与酶的浓度成正比关系。
  3、温度
  温度对酶促反应速度具有双重影响。升高温度一方面可加快酶促反应速度,同时也增加酶的变性。酶促反应最快时的环境温度称为酶促反应的最适温度。酶的活性虽然随温度的下降而降低,但低温一般不使酶破坏。
  酶的最适温度不是酶的特征性常数,它与反应进行的时间有关。
  4、PH
  酶活性受其反应环境的PH影响,且不同的酶对PH有不同要求,酶活性最大的某一PH值为酶的最适PH值,如胃蛋白酶的最适PH约为1.8,肝精氨酸酶最适PH9.8,但多数酶的最适PH接近中性。
  最适PH不是酶的特征性常数,它受底物浓度、缓冲液的种类与浓度、以及酶的纯度等因素影响。
  5、激活剂
  使酶由无活性或使酶活性增加的物质称为酶的激活剂,大多为金属离子,也有许多有机化合物激活剂。分为必需激活剂和非必需激活剂。
  6、抑制剂
  凡能使酶的催化活性下降而不引起酶蛋白变性的物质统称为酶的抑制剂。大多与酶的活性中心内、外必需基团相结合,从而抑制酶的催化活性。可分为:
  1)不可逆性抑制剂:以共价键与酶活性中心上的必需基团相结合,使酶失活。此种抑制剂不能用透析、超滤等方法去除。又可分为:
  a.专一性抑制剂:如农药敌百虫、敌敌畏等有机磷化合物能特民地与胆碱酯酶活性中心丝氨酸残基的羟基结合,使酶失活,解磷定可解除有机磷化合物对羟基酶的抑制作用。
  b.非专一性抑制剂:如低浓度的重金属离子如汞离子、银离子可与酶分子的巯基结合,使酶失活,二巯基丙醇可解毒。化学毒气路易士气是一种含砷的化合物,能抑制体内的巯基酶而使人畜中毒。
  2)可逆性抑制剂:通常以非共价键与酶和(或)酶-底物复合物可逆性结合,使酶活性降低或消失。采用透析或超滤的方法可将抑制剂除去,使酶恢复活性。可分为:
  a.竞争性抑制剂:与底物竞争酶的活性中心,从而阻碍酶与底物结合形成中间产物。如丙二酸对琥珀酸脱氢酶的抑制作用;磺胺类药物由于化学结构与对氨基苯甲酸相似,是二氢叶酸合成酶的竞争抑制剂,抑制二氢叶酸的合成;许多抗代谢的抗癌药物,如氨甲蝶呤(MTX)、5-氟尿嘧啶(5-FU )、6-巯基嘌呤(6-MP)等,几乎都是酶的竞争性抑制剂,分别抑制四氢叶酸、脱氧胸苷酸及嘌呤核苷酸的合成。
  Vmax不变,Km值增大
  b.非竞争性抑制剂:与酶活性中心外的必需基团结合,不影响酶与底物的结合,酶和底物的结合也不影响与抑制剂的结合。
  Vmax降低,Km值不变
  c.反竞争性抑制剂:仅与酶和底物形成的中间产物结合,使中间产物的量下降。
  Vmax Km均降低
  四、酶活性的调节
  1、酶原的激活 
  有些酶在细胞内合成或初分泌时只是酶的无活性前体,必须在一定条件下,这些酶的前体水解一个或几个特定的肽键,致使构象发生改变,表现出酶的活性。酶原的激活实际上是酶的活性中心形成或暴露的过程。生理意义是避免细胞产生的蛋白酶对细胞进行自身消化,并使酶在特定的部位环境中发挥作用,保证体内代谢正常进行。
  2、变构酶
  体内一些代谢物可以与某些酶分子活性中心外的某一部位可逆地结合,使酶发生变构并改变其催化活性,有变构激活与变构抑制。
  3、酶的共价修饰调节
  酶蛋白肽链上的一些基团可与某种化学基团发生可逆的共价结合,从而改变酶的活性,这一过程称为酶的共价修饰。在共价修饰过程中,酶发生无活性与有活性两种形式的互变。酶的共价修饰包括磷酸化与脱磷酸化、乙酰化与脱乙酰化、甲基化与脱甲基化、腺苷化与脱腺苷化等,其中以磷酸化修饰最为常见。
  五、同工酶
  同工酶是指催化相同的化学反应,而酶蛋白的分子结构、理化性质乃至免疫学性质不同的一组酶。同工酶是由不同基因或等位基因编码的多肽链,或由同一基因转录生成的不同mRNA翻译的不同多肽链组成的蛋白质。翻译后经修饰生成的多分子形式不在同工酶之列。同工酶存在于同一种属或同一个体的不同组织或同一细胞的不同亚细胞结构中。
  如乳酸脱氢酶是四聚体酶。亚基有两型:骨骼肌型(M型)和心肌型(H型)。两型亚基以不同比例组成五种同工酶,如LDH1HHHH)LDH2(HHHM)等。它们具有不同的电泳速度,对同一底物表现不同的Km值。单个亚基无酶的催化活性。心肌、肾以LDH1为主,肝、骨骼肌以LDH5为主。
  肌酸激酶是二聚体,亚基有M型(肌型)和B型(脑型)两种。脑中含CK1BB型);骨骼肌中含CK3MM型);CK2MB型)仅见于心肌。
               第四章  维生素
  一、脂溶性维生素
  1、维生素A
  作用:与眼视觉有关,合成视紫红质的原料;维持上皮组织结构完整;促进生长发育。
  缺乏可引起夜盲症、干眼病等。
  2、维生素D
  作用:调节钙磷代谢,促进钙磷吸收。
  缺乏儿童引起佝偻病,成人引起软骨病。
  3、维生素E
  作用:体内最重要的抗氧化剂,保护生物膜的结构与功能;促进血红素代谢;动物实验发现与性器官的成熟与胚胎发育有关。
  4、维生素K
  作用:与肝脏合成凝血因子有关。
  缺乏时可引起凝血时间延长,血块回缩不良。
 
  二、水溶性维生素
  1、维生素B1
  又名硫胺素,体内的活性型为焦磷酸硫胺素(TPP
  TPPα-酮酸氧化脱羧酶和转酮醇酶的辅酶,并可抑制胆碱酯酶的活性,缺乏时可引起脚气病和(或)末梢神经炎。
  2、维生素B2
  又名核黄素,体内的活性型为黄素单核苷酸(FMN)和黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD
  FMNFAD是体内氧化还原酶的辅基,缺乏时可引起口角炎、唇炎、阴囊炎、眼睑炎等症。
  3、维生素PP
  包括尼克酸及尼克酰胺,肝内能将色氨酸转变成维生素PP,体内的活性型包括尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+)和尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP+)。
  NAD+和NADP+在体内是多种不需氧脱氢酶的辅酶,缺乏时称为癞皮症,主要表现为皮炎、腹泻及痴呆。
  4、维生素B6
  包括吡哆醇、吡哆醛及吡哆胺,体内活性型为磷酸吡哆醛和磷酸吡哆胺。
  磷酸吡哆醛是氨基酸代谢中的转氨酶及脱羧酶的辅酶,也是δ-氨基γ-酮戊酸(ALA)合成酶的辅酶。
  5、泛酸 
  又称遍多酸,在体内的活性型为辅酶A及酰基载体蛋白(ACP)。
  在体内辅酶A及酰基载体蛋白(ACP)构成酰基转移酶的辅酶。
  6、生物素
  生物素是体内多种羧化酶的辅酶,如丙酮酸羧化酶,参与二氧化碳的羧化过程。
  7、叶酸
  以四氢叶酸的形式参与一碳基团的转移,一碳单位在体内参加多种物质的合成,如嘌呤、胸腺嘧啶核苷酸等。叶酸缺乏时,DNA合成受抑制,骨髓幼红细胞DNA合成减少,造成巨幼红细胞贫血。
  8、维生素B12
  又名钴胺素,唯一含金属元素的维生素。
  参与同型半工半胱氨酸甲基化生成蛋氨酸的反应,催化这一反应的蛋氨酸合成酶(又称甲基转移酶)的辅基是维生素B12,它参与甲基的转移。一方面不利于蛋氨酸的生成,同时也影响四氢叶酸的再生,最终影响嘌呤、嘧啶的合成,而导致核酸合成障碍,产生巨幼红细胞性贫血。
  9、维生素C
  促进胶原蛋白的合成;是催化胆固醇转变成7-α羟胆固醇反应的7-α羟化酶的辅酶;参与芳香族氨基酸的代谢;增加铁的吸收;参与体内氧化还原反应,保护巯基等作用。
  
        第二篇   物质代谢及其调节
          
            第一章  糖代谢
 
  一、糖酵解
  1、过程:
    见图1-1
  糖酵解过程中包含两个底物水平磷酸化:一为1,3-二磷酸甘油酸转变为3-磷酸甘油酸;二为磷酸烯醇式丙酮酸转变为丙酮酸。
  2、调节
  1)6-磷酸果糖激酶-1
  变构抑制剂:ATP、柠檬酸
  变构激活剂:AMPADP16-双磷酸果糖(产物反馈激,比较少见)和26-双磷酸果糖(最强的激活剂)。
  2)丙酮酸激酶
变构抑制剂:ATP 、肝内的丙氨酸
变构激活剂:16-双磷酸果糖
  3)葡萄糖激酶
  变构抑制剂:长链脂酰辅酶A
  注:此项无需死记硬背,理解基础上记忆是很容易的,如知道糖酵解是产生能量的,那么有ATP等能量形式存在,则可抑制该反应,以利节能,上述的柠檬酸经三羧酸循环也是可以产生能量的,因此也起抑制作用;产物一般来说是反馈抑制的;但也有特殊,如上述的16-双磷酸果糖。特殊的需要记忆,只属少数。以下类同。关于共价修饰的调节,只需记住几个特殊的即可,下面章节提及。

(1)糖原       1-磷酸葡萄糖
               
(2)葡萄糖 己糖激酶 6-磷酸葡萄糖  6-磷酸果糖6-磷酸果糖-1-激酶 
     ATP ADP               ATP   ADP
            磷酸二羟丙酮         
 1,6-二磷酸果糖           
  
3-磷酸甘油醛 1,3-二磷酸甘油酸
                     NAD+  NADHH+
3-磷酸甘油酸 2-磷酸甘油酸
磷酸烯醇式丙酮酸 丙酮酸激酶
ADP  ATP                            ADP  ATP
丙酮酸
乳酸
   NADHH+  NAD+
注:红色表示该酶为该反应的限速酶;蓝色ATP表示消耗,红色ATPNADH等表示生成的能量或可以转变为能量的物质。以下类同。
              (图1-1)          
 
  3、生理意义
  1)迅速提供能量,尤其对肌肉收缩更为重要。若反应按(1)进行,可净生成3分子ATP,若反应按(2)进行,可净生成2分子ATP;另外,酵解过程中生成的2个NADH在有氧条件下经电子传递链,发生氧化磷酸化,可生成更多的ATP,但在缺氧条件下丙酮酸转化为乳酸将消耗NADH,无NADH净生成。
  2)成熟红细胞完全依赖糖酵解供能,神经、白细胞、骨髓等代谢极为活跃,即使不缺氧也常由糖酵解提供部分能量。
  3)红细胞内13-二磷酸甘油酸转变成的2,3-二磷酸甘油酸可与血红蛋白结合,使氧气与血红蛋白结合力下降,释放氧气。
  4)肌肉中产生的乳酸、丙氨酸(由丙酮酸转变)在肝脏中能作为糖异生的原料,生成葡萄糖。
4、乳酸循环
葡萄糖
葡萄糖
    葡萄糖
  糖               糖
  异               酵
  生               解
  途               途
径               径 
丙酮酸             丙酮酸
 乳酸     乳酸      乳酸 
() (血液) (肌肉)
  乳酸循环是由于肝内糖异生活跃,又有葡萄糖-6-磷酸酶可水解6-磷酸葡萄糖,释出葡萄糖。肌肉除糖异生活性低外,又没有葡萄糖-6-磷酸酶。
  生理意义:避免损失乳酸以及防止因乳酸堆积引起酸中毒。
  二、糖有氧氧化
  1、过程
1)、经糖酵解过程生成丙酮酸
2)、丙酮酸 丙酮酸脱氢酶复合体 乙酰辅酶A
NAD+ NADHH+
  限速酶的辅酶有:TPPFADNAD+CoA及硫辛酸
3)、三羧酸循环
  草酰乙酸+乙酰辅酶A 柠檬酸合成酶 柠檬酸  异柠檬酸 异柠檬酸脱氢酶 
                             NAD+ NADHH+
α-酮戊二酸 α-酮戊二酸脱氢酶复合体 琥珀酸酰CoA 琥珀酸
       NAD+ NADHH+            GDP  GTP

       延胡索酸  苹果酸         草酰乙酸
 FAD FADH2          NAD+ NADHH+

三羧酸循环中限速酶α-酮戊二酸脱氢酶复合体的辅酶与丙酮酸脱氢酶复合体的辅酶同。
三羧酸循环中有一个底物水平磷酸化,即琥珀酰COA转变成琥珀酸,生成GTP;加上糖酵解过程中的两个,本书中共三个底物水平磷酸化。
  2、调节
  1)丙酮酸脱氢酶复合体
  抑制:乙酰辅酶ANADHATP
  激活:AMP、钙离子
  2)异柠檬酸脱氢酶和α-酮戊二酸脱氢酶
  NADHATP反馈抑制
  3、生理意义
  1)基本生理功能是氧化供能。
  2)三羧酸循环是体内糖、脂肪和蛋白质三大营养物质代谢的最终共同途径。
  3)三羧酸循环也是三大代谢联系的枢纽。
4、有氧氧化生成的ATP
       葡萄糖有氧氧化生成的ATP
反   应
辅酶 ATP
第一阶段
葡萄糖 6-磷酸葡萄糖 -1
6-磷酸果糖 16双磷酸果糖 -1
2*3-磷酸甘油醛 2*1,3-二磷酸甘油酸 NAD+ 2*32*2(详见)
2*1,3-二磷酸甘油酸 2*3-磷酸甘油酸 2*1
2*磷酸烯醇式丙酮酸 2*丙酮酸 2*1
第二阶段 2*丙酮酸 2*乙酰CoA NAD+ 2*3
第三阶段 2*异柠檬酸 2*α-酮戊二酸 NAD+ 2*3
2*α-酮戊二酸 2*琥珀酰CoA NAD+ 2*3
2*琥珀酰CoA 2*琥珀酸 2*1
2*琥珀酸 2*延胡索酸 FAD 2*2
2*苹果酸 2*草酰乙酸 NAD+ 2*3
净生成   3836ATP
  5、巴斯德效应
  有氧氧化抑制糖酵解的现象。
 
  三、磷酸戊糖途径
1、
过程
             6-磷酸葡萄糖
            NADP+ 
                 6-磷酸葡萄糖脱氢酶
NADPH
             6-磷酸葡萄糖酸内酯
             6-磷酸葡萄糖酸
            NADP+

            NADPH
             5-磷酸核酮糖
             5-磷酸核糖    5-磷酸木酮糖
             
             7-磷酸景天糖   3-磷酸甘油醛
   5-磷酸木酮糖    4-磷酸赤藓糖   6-磷酸果糖
   3-磷酸甘油醛    6-磷酸果糖
   6-磷酸果糖
  
2、生理意义
  1)为核酸的生物合成提供5-磷酸核糖,肌组织内缺乏6-磷酸葡萄糖脱氢酶,磷酸核糖可经酵解途径的中间产物3- 磷酸甘油醛和6-磷酸果糖经基团转移反应生成。
  2)提供NADPH
  a.NADPH是供氢体,参加各种生物合成反应,如从乙酰辅酶A合成脂酸、胆固醇;α-酮戊二酸与NADPH及氨生成谷氨酸,谷氨酸可与其他α-酮酸进行转氨基反应而生成相应的氨基酸。
  b.NADPH是谷胱甘肽还原酶的辅酶,对维持细胞中还原型谷胱甘肽的正常含量进而保护巯基酶的活性及维持红细胞膜完整性很重要,并可保持血红蛋白铁于二价。
  c.NADPH参与体内羟化反应,有些羟化反应与生物合成有关,如从胆固醇合成胆汁酸、类固醇激素等;有些羟化反应则与生物转化有关。
  
  四、糖原合成与分解
  1、合成
过程:
葡萄糖  6-磷酸葡萄糖  1-磷酸葡萄糖 UDPG焦磷酸化酶 尿苷二磷酸葡萄糖 
                    UTP  PPi     (UDPG)
糖原合成酶 (G)n+1UDP
 (G)n
  注:1)UDPG可看作是活性葡萄糖,在体内充作葡萄糖供体。
    2)糖原引物是指原有的细胞内较小的糖原分子,游离葡萄糖不能作为UDPG的葡萄糖基的接受体。
    3)葡萄糖基转移给糖原引物的糖链末端,形成α-14糖苷键。在糖原合酶作用下,糖链只能延长,不能形成分支。当糖链长度达到1218个葡萄糖基时,分支酶将约67个葡萄糖基转移至邻近的糖链上,以α-16糖苷键相接。
  调节:糖原合成酶的共价修饰调节。
  2、分解
过程:
(G)n+1磷酸化酶 (G)n1-磷酸葡萄糖  6-磷酸葡萄糖 葡萄糖-6-磷酸酶 GPi
  
注:1)磷酸化酶只能分解α-14糖苷键,对α-16糖苷键无作用。
    2)糖链分解至离分支处约4个葡萄基时,转移酶把3个葡萄基转移至邻近糖链的末端,仍以α-14糖苷键相接,剩下1个以α-16糖苷键与糖链形成分支的葡萄糖基被α-16葡萄糖苷酶水解成游离葡萄糖。转移酶与α-16葡萄糖苷酶是同一酶的两种活性,合称脱支酶。
    3)最终产物中约85%为1-磷酸葡萄糖,其余为游离葡萄糖。
  调节:磷酸化酶受共价修饰调节,葡萄糖起变构抑制作用。
五、糖异生途径                                          
1、
过程
乳酸           丙氨酸等生糖氨基酸
      NADH
         丙酮酸           丙酮酸
      ATP  丙酮酸           丙酮酸
           丙酮酸羧化酶              
         草酰乙酸          草酰乙酸 (线粒体内)

         天冬氨酸          苹果酸
      GTP 天冬氨酸           
         NADH
         草酰乙酸          苹果酸
           磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶
         磷酸烯醇式丙酮酸
         2-磷酸甘油酸                 (胞液)

       ATP 3-磷酸甘油酸
     NADH 13-二磷酸甘油酸              甘油 ATP       
         3-磷酸甘油醛  
磷酸二羟丙酮      3-磷酸甘油
NADH
             1,6-双磷酸果糖
                  果糖双磷酸酶
             6-磷酸果糖
  
             6-磷酸葡萄糖      1-磷酸葡萄糖  糖原
                  葡萄糖-6-磷酸酶
              葡萄糖 
注意:1)糖异生过程中丙酮酸不能直接转变为磷酸烯醇式丙酮酸,需经过草酰乙酸的中间步骤,由于草酰乙酸羧化酶仅存在于线粒体内,故胞液中的丙酮酸必须进入线粒体,才能羧化生成草酰乙酸。但是,草酰乙酸不能直接透过线粒体膜,需借助两种方式将其转运入胞液:一是经苹果酸途径,多数为以丙酮酸或生糖氨基酸为原料异生成糖时;另一种是经天冬氨酸途径,多数为乳酸为原料异生成糖时。
2)在糖异生过程中,13-二磷酸甘油酸还原成3-磷酸甘油醛时,需NADH,当以乳酸为原料异生成糖时,其脱氢生成丙酮酸时已在胞液中产生了NADH以供利用;而以生糖氨基酸为原料进行糖异生时,NADH则必须由线粒体内提供,可来自脂酸β-氧化或三羧酸循环。
3)甘油异生成糖耗一个ATP,同时也生成一个NADH
2、
调节
2,6-双磷酸果糖的水平是肝内调节糖的分解或糖异生反应方向的主要信号,糖酵解加强,则糖异生减弱;反之亦然。
3、
生理意义
1)空腹或饥饿时依赖氨基酸、甘油等异生成糖,以维持血糖水平恒定。
2)补充肝糖原,摄入的相当一部分葡萄糖先分解成丙酮酸、乳酸等三碳化合物,后者再异生成糖原。合成糖原的这条途径称三碳途径。
3)调节酸碱平衡,长期饥饿进,肾糖异生增强,有利于维持酸碱平衡。
作者: 397959126    时间: 08-3-21 18:12
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